中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心的前身为始建于1978年中国科学院石家庄农业现代化研究所。2002年，与中国科学院遗传与发育生物学研究所进行整合，成立了“中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心”，保留独立事业单位法人资格。
现有职工132人；其中科研人员110人、管理和技术支撑人员22人。拥有中国科学院院士1人，研究员17人，引进中国科学院“百人计划”人才3名。
研究中心拥有中国科学院农业水资源重点实验室，并在沿北纬38度带分别在河北省元氏县、栾城县和南皮县建立了3个野外试验台站，形成了从山地丘陵区—山前平原区—滨海平原区具有不同生态类型的农业科学研究基地。其中栾城生态农业系统试验站已于2005年晋升为国家首批野外试验台站，同时也是中国科学院生态网络台站成员和国际GTOS成员。此外中心还建有河北省节水农业重点实验室和中国科学院小麦转基因研究试验基地。
自2002年进入中国科学院知识创新工程以来，面向国家水安全、粮食安全、生态环境安全的重大战略需求和农业资源与生态学前沿领域，以农业水资源高效利用为重点，在节水理论与技术、农业生物技术、生态系统及信息管理等领域，开展应用基础研究，集成创新资源节约型现代农业模式，为区域农业持续发展做出了基础性、战略性、前瞻性贡献。