微生物学于2001年成为硕士学位授权点，现有导师6人，其中教授4人，博士生导师2人，副教授2人。学科负责人为贾英民教授。近五年来培养硕土研究生51人，其中在校研究生36人。毕业生中多人考取了中国科学院、中国疾病预防控制中心、江南大学等国内一流教学科研单位博士研究生。
本专业设有微生物酶资源开发、益生菌资源开发、有害微生物检测与控制三个研究方向。主要研究内容包括：产酶微生物菌种（尤其是曲霉菌）的筛选培养、酶生合成的代谢控制、酶的纯化与制备、酶的结构与功能、酶固定化、酶分子修饰与改造、酶基因的克隆以及酶的应用；自健康人体或动植物体内选育优良益生菌菌种，开发益生菌资源，研究益生菌分子克隆与基因表达系统，搭建益生菌基因工程技术平台，构建食品级或饲料级的功能性益生菌基因工程菌株，研究益生菌的营养保健机理、现代分类鉴定技术、生理生化特性、体外培养技术、发酵工程技术、生物保藏技术等，研制开发益生菌制品，以及研究食品病原菌分子生物学和免疫学检测的新技术、新方法，以及动物、植物、微生物源的天然食品防腐剂的开发与应用。
近五年来，本学科承担了科研项目24 项，其中省部级研究项目15项；获省部级奖8项，申请发明专利8项，出版学术专著4部，教材（教师用书）2部。在国内外重要学术刊物上发表学术论文60多篇。此外还向社会推出了一批先进的科研成果，经过近五年的投入和建设，学科拥有较好的实验设备和条件，仪器设备总值达到120多万元，为高水平的科学研究提供有力的保障。