在2006年度全军优秀博士、硕士学位论文评选中，军事交通学院参评的硕士学位论文《多种物资配载优化问题研究》被评为全军优秀硕士论文。据该院政委高尚国介绍，这是学院硕士学位论文第二次入选全军优秀硕士学位论文。
学位论文是衡量一所大学研究生培养质量的重要标志。近年来，该院在研究生教育中坚持质量第一的原则，严把研究生培养质量关，建立了培养全过程质量管理机制，确保研究生教育规模、质量、效益协调发展。据统计，该院开展研究生教育以来，历届研究生在校期间发表学术论文425篇，参与撰写专著16部，11人考取了博士研究生，6人进入了博士后流动站。在总部组织的军事学硕士研究生教育质量评估中，该院研究生教育受到专家的较高评价。