本实验室整合基因组学、蛋白质组学、代谢组学等多种研究手段，开展以基因组学为核心的合成生物学研究，具体的研究方向有：以第二代或第三代测序仪为核心技术展开大规模的靶标微生物的基因组测序；基因组的功能网络和核心代谢通路的生物信息学研究，为新基因组的设计提供理论基础；全基因组的重构研究，通过实验手段实现基因组的合成；人造细胞功能的系统研究，包括转录组、蛋白质组和代谢组分析。实验室拥有分子生物学、细胞生物学及蛋白质组学分析平台，承担若干973计划、863计划、国家自然科学基金、北京市科委项目、中科院创新基金等项目。
组织机构:
实验室主任（筹）：刘斯奇研究员
所属团队：
刘斯奇研究组、吴琳研究组
在研项目：
◦生物炼制细胞工厂的科学基础 (973计划)
◦蛋白质组海量质谱数据的解析及其在人类基因组注释中的应用(973计划)
◦炎症反应信号通路对肿瘤转移的影响 (973计划)
◦实体肿瘤的微环境蛋白质组研究 (973计划)
◦天冬氨酸组织蛋白酶D与细胞衰老的关系研究 （国家自然科学基金）
◦MAWD/MAWBP 复合体调节TGF-beta 通路的机理研究（国家自然科学基金）
◦小鼠db/db 糖尿病模型中心肌线粒体HADHB 的酪氨酸硝基化修饰（国家自然科学基金）
◦Antrum mucosa protein-18（AMP-18）参与胃粘膜上皮细癌变的分子机制（国家自然科学基金）
近期发表文章：
◦Rui Xing, et al. Gut. 2011, In press.
◦Yuan Wang, et al. J. Proteome Res., 2010, 9 (8):4254–4263.
◦Liang Shi, et al. J Proteome Res. 2010, 9(1):79-94.
◦Sun A, Liang Shi, et al. J Proteome Res. 2010,9(1):50-8.
◦Qian Z, et al. J Bacteriol. 2010, 192(17):4311-6.
◦Wei Huang, et al. Front. Biol. 2010, 5(4):331-338.
申请专利：
◦Cathepsin D抗原多肽、自身抗体在制备检测肿瘤试剂盒中的应用及含有该多肽的检测试剂盒
◦MAWBP抗原多肽、自身抗体在制备检测肿瘤试剂中的应用及含有该多肽的检测试剂
◦SM22抗原多肽、自身抗体在制备检测肿瘤试剂盒中的应用及含有该多肽的检测试剂盒
◦MFAP3L抗原多肽、自身抗体在制备检测肿瘤试剂中的应用和含有该多肽的检测试剂
◦AMP-18抗原多肽及其在制备治疗肿瘤药物中的应用