为贯彻落实全国和北京市科技大会精神，适应新形势的需要，为北京市的科技发展服务。2006年12月，北京科学学研究中心和中国科学院科技政策与管理科学研究所在“中科院和北科院全面合作框架协议”指导下，组建了“北京科技政策研究中心”。
中心实行理事会领导下的中心主任负责制。理事会由甲乙双方负责人、相关政府部门专家和从事政策研究的专家学者组成。中心主任分工负责中心的日常组织管理和协调运作。
中心相关工作人员实行全员聘任制。实行聘期岗位目标管理和绩效考核制度，建立“开放、竞争、流动、协作”的运行机制。中心研究项目实行课题组长负责制。
中心主要开展“北京创新政策研究”项目，开展国内外科技政策文献跟踪研究，建立文献数据库，并根据形势发展的需要出版信息快报。为了促进中心的长远发展，合作双方将共同争取研究项目，共同开展研究工作，力争在3至5年内完成一批具有显著社会影响的高水平研究成果。
中心在人才培养方面将以科技政策与管理科学研究所学位授予点联合培养硕士、博士研究生，依托双方的博士后流动站吸引和培养博士后进入中心工作，并争取在条件成熟的时候，合作共建新的学位点……