软件所广州分部于2011年5月27日正式落户广州南沙，致力于打造珠三角地区科技创新的新高地，提高产业核心竞争力，增强区域自主创新能力，促进区域经济社会发展。
广州中国科学院软件应用技术研究所（软件所广州分部）将重点围绕广州市、珠三角地区乃至广东省在电子信息和现代服务业领域的发展，基于软件所科研成果，结合地方实际应用需求，充分利用各种资源，开展产学研合作，通过产业前沿技术创新、系统集成创新、工程化研发和科技成果转移转化，改造提升传统产业，发展战略性新兴产业，转变经济发展方式。