集成应用中心是根据中科院综合配套改革，结合计算所特点而新设立的面向产业应用的研发实体，现设有四个分中心，员工与学生180人。
嵌入应用分中心：面向嵌入式应用集研究、开发、技术转化、产业推广于一体的部门，员工与学生30人左右，主要研究方向：聚芯SoC系列芯片设计开发、集成工具套件研发、产品方案设计、应用系统集成及嵌入系统培训教程设计等，为嵌入应用提供产品技术的发展源头。
地理信息分中心：以空间计算技术为主要研究内容，员工与学生50人左右。集成空间技术、信息技术和各类应用技术，以时间域中空间数据及其承载的自然和社会属性数据为研究对象，研究海量空间信息处理系统的软硬件体系结构及实现技术，为国家基础设施建设和经济建设提供共性技术支持。
网络存储分中心：面向网络存储产业发展需要的集研究、开发、技术转化于一体的部门，员工与学生70人左右。在系统设计和软件开发方面积累了丰富的经验，立足所内丰厚的技术积累，面向产业需求，为网络存储系统提供产品技术的发展源头。
软件集成与服务计算研究分中心：以改造现行软件生产方式和使用模式、促进互联网信息服务发展为追求，主要关注互联网资源整合与智能服务问题，试图打造一个（第三方）运维的行业应用资源中心(IRC)，现有员工和学生30人左右。在研究互联网资源互操作和动态聚合、业务级服务抽象、应用快速构建与重构、可靠性和可用性保障等服务计算瓶颈问题基础上，重点产出服务资产管理、服务工作流、客户端为中心的编程和使用环境以及互联网信息服务DIY社区等方面的核心技术和自有软件，瞄准区域或应用领域的综合集成问题，为其提供各类资源的“逻辑中心”及应用层面的“云服务”。