是空间中心为支撑空间科学先导专项，建设我国空间科学及其卫星工程项目的总体性研究机构而成立的机构之一。
运控中心是空间科学卫星运行阶段的总体技术支持部门，通过地面公共支撑系统支持空间科学先导专项科学卫星运行，是科学应用系统与卫星之间的联系纽带。对空间科学卫星实施运行控制，对卫星数据进行接收、汇集和分发。其中地面接收站将充分利用和发挥院内各单位的优势，做到资源有效利用
主要职能
1. 提供和发展地面运行系统总体技术；
2. 执行空间科学卫星的运行控制管理。汇集空间科学卫星的科学观测需求，制定有效载荷运行计划，编制有效载荷控制指令并上行至卫星；
3. 协调、调度地面站接收科学卫星的数据；
4. 负责监视空间科学卫星及有效载荷的工作状态，负责分析运行中发现的问题和诊断故障；
5. 汇集和分发空间科学数据，负责初级空间科学卫星初级数据产品的生成，负责国际合作中的地面业务运行与数据交换；
6. 国家空间科学中心网络通信公共基础设施建设、管理与运行；
7. 空间科学卫星数据地面网络通信链路的建设、管理与运行；
8. 国际间网络通信链路的建设、管理与运行；
9. 开展空间科学工程项目的科普宣传。
负责人
主 任：邹自明
下设
1. 卫星运控技术实验室
2. 数据网络技术实验室