北京市心肺血管疾病研究所1981年9月2日由我国已故著名心血管疾病专家吴英恺院士创建。1984年经北京市科委和相关政府机构批准，正式列为市属独立科研机构。2007年10月重新归属北京市卫生局科教处。是目前北京市卫生局所属研究机构中唯一一家以心、肺血管疾病防治的应用基础研究为主要方向的公益性研究所。
北京市心肺血管疾病研究所与北京安贞医院为一个医疗科研联合体，集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体。
近三十年的发展历程中，北京市心肺血管疾病研究所在我国心血管病防治研究上取得了多项具有国内外影响力的成果，在心血管流行病学和人群防治研究领域，一直占据国内领先的学术地位并有较高的国际知名度。
1998年在北京市科委领导的大力支持下，成立了北京心血管病研究实验室。在心血管病的防治、动脉粥样硬化性心血管病的发病机理研究及大器官移植的器官保护及排斥反应检测等方面取得了可喜的成绩。
2007年7月，2500平方米的新科研楼竣工，实验中心的组建为全院、所科研工作提供技术平台打下了良好的基础。
2008年8月，北京市心肺血管疾病研究所通过首都医科大学引进教育部长江学者杜杰博士。北京安贞医院张兆光院长亲自为杜杰博士颁发了聘任证书，为配合杜杰博士及其科研团队在研究所开展科研工作。2008年12月9日，经院办公会及院党委批准成立了心血管生物学研究室。并于2009年4月，批准杜杰博士任研究所副所长、心血管生物学研究室主任同时兼任实验中心主任。
科研方向
北京市卫生局《北京市属医学科研院所“十二五”公益性科技发展规划（2011-2015年）》中指出， 要建立和完善市属医学科研院所11个研究平台。北京市心肺血管疾病研究所在其中的4个研究平台有对应的研究项目。
| 序号 | 研究平台 | 项目名称 |
| 1 | 慢性非传染性疾病监测、防治研究平台 | 北京地区心血管病发病死亡监测和年度报告系统建设 |
| 2 | 常见恶性肿瘤综合防治研究平台 | —— |
| 3 | 老年性疾病防治研究平台 | —— |
| 4 | 儿科疾病研究平台 | 北京地区先心病防治能力和需求的综合评价研究 |
| 5 | 眼耳鼻咽喉学研究平台 | —— |
| 6 | 创伤骨科研究平台 | —— |
| 7 | 传染病监测、预警及诊治研究平台 | —— |
| 8 | 食品安全研究平台 | —— |
| 9 | 中医、中西医结合疾病防治与康复研究平台 | —— |
| 10 | 卫生管理研究平台 | 心血管病防治领域国内外最新进展跟踪、分布及相关健康科普产品研发一体化平台的建设 |
| 11 | 重大疾病研究成果转化平台 | 建立北京市心血管疾病研究成果的转化研究 |
研究所“十二五”发展计划
1.提升科研竞争能力
在已确立的学科发展方向上，进一步凝练重点发展学科。发挥优势, 凝集国内外优势科研力量，积极开展国际技术合作和人才交流，形成基础研究、临床研究和生物医药共同发展的高端应用平台；带动科研基础设施建设。在未来的5年中：
研究所将争取申报国家级重点实验室；
集中优势科研力量，提升国家自然基金委课题中标率；
力争国家应用基础研究项目（国家863及973项目）资助；
准备首都心血管病转化医学中心的申报及筹建；
通过上述目标使科研经费以每年10-15%的增幅递增。同时力争科研论文（其中包括核心期刊论文及SCI论文）发表数量每年以80-100%增长。实现提升科研竞争能力目标。
2.加强人才梯队建设
研究所将借鉴近几年人才引进的成功经验，依据学科发展及学科建设的需要，进一步建立健全灵活的人才引进机制。并在未来的5年中进行长江学者创新团队建设。适时引进或聘请战略专家、高层次人才以及攻关合作伙伴。建立形式多样的、完善的人才梯队，为提升研究所的科技竞争能力奠定人才基础。为院所的科技发展提供智力支持和人才保障。
根据目前的人员结构，“十二五”规划期间，人才引进将以博士、博士后及留学归国人员为主，使科研队伍人员结构中高学历人员比例逐年增加。在相关人事政策支持下使人员结构更加合理。
3.加强基础设施建设
研究所在未来5年中，将扩建科研楼，使办公及技术平台面积增加2倍。有效整合资源，合理配置必备的仪器、设备、设施，同时建立健全相关管理制度。满足“开放、流动、联合、竞争”运行机制改革的管理需求，做到统一管理，盘活资源，实现科技资源使用效益最大化，提高为科研服务的能力。
4.科技管理体制改革
参照首都医科大学及兄弟单位的相关绩效考核办法，建立健全研究所科技人员绩效考核标准及考核制度，使科技管理体制改革取得突破。通过不断深化科技管理体制改革，形成一整套适应研究所科技发展需求的管理体系，带动北京市心肺血管疾病研究所创新体制的建立和不断完善，融入全社会科技体制创新的进程。