海洋灾害预警报室的主要职责是负责制作我国管辖海域和邻近海区及全球海洋环境、海洋灾害的预报、警报及分析、预测产品，开展海洋灾害的影响评估工作。
具体职责包括制作我国沿海的风暴潮预报警报，我国近海和全球大洋海浪预报警报，我国近海及西北太平洋的海啸预报警报，渤海和黄海北部海冰预报警报分析、预测产品；承担全国海洋灾害的预测、会商及重大海洋灾害的灾情调查、分析评估和预报总结；负责编制《中国海洋灾害公报》；负责开展风暴潮、海浪和海啸等以及两极外全球其他区域（含我国近海）海冰数值预报研究和数值预报产品的释用；负责开展专项海洋环境预报和海洋环境影响评价服务；承担军民兼用的海浪、海冰、海啸和风暴潮预警报与保障任务；承办中心领导交办的其它事宜。
海洋灾害预警报室下设4个组：风暴潮组、海浪组、海冰组和海啸组。