实验动物资源研究所主要职责：
1、承担实验动物保种、育种、生产和供应工作。
2、负责实验期动物饲养管理及相关条件保障。
3、负责实验动物质量和实验环境设施与设备检测。
4、负责动物源性材料病毒安全性检测和病毒灭活效果验证。
5、开展转基因动物和动物模型研发。
6、开展与实验动物相关新技术、新方法研究。
7、承担“国家啮齿类实验动物种子中心”、“国家实验动物质量检测中心”工作。
8、承办院交办的其他事项。
5个内设机构的职责
综合办公室
综合、组织和协调所行政事务工作；负责实验动物生产供应、动物实验、实验动物质量检测、模式动物研究以及其他相关研究工作协调和管理；负责“国家啮齿类实验动物种子中心”和“国家实验动物质量检测中心”的管理工作；负责院“实验动物管理委员会”和“实验动物福利伦理审查委员会”的日常管理工作；承担实验动物从业人员上岗培训的相关工作；承办所交办的其他事项。
实验动物生产供应室
负责实验动物需求信息的收集、整理、分析和生产计划的制定；负责实验动物生产、供应工作和相关条件保障工作；负责实验动物质量管理的协调工作；承担实验动物生产、管理技术咨询和技术人员培训工作；承担“国家啮齿类实验动物种子中心”的保种、供种和新品种（品系）培育工作；承担相关技术方法研究和技术人员培训工作；承办所交办的其他事项。
动物实验室
负责实验期动物饲养管理和条件保障工作;承担实验动物福利伦理申请的审查工作;负责动物实验技术方法研究及技术人员培训工作;承担依据标准开展实验环境设施和设备的检测工作;承办所交办的其他事项。
实验动物质量检测室
承担实验动物质量检测工作;承担动物源性相关制品的生物安全性检测和病毒去除或灭活工艺有效性验证工作;开展相关技术方法研究及技术人员培训工作；承担“国家实验动物质量检测中心”工作;承办所交办的其他事项。
模式动物研究室
承担基因修饰动物和动物模型的制作、鉴定和表型分析等研究工作;承担基于模式动物的检测、安全性评价方法和技术标准的制定工作;承担“国家啮齿类实验动物种子中心”的实验动物种子冷冻保存和新技术研究;承办所交办的其他事项。