发酵工程研究发展部是创立研究院的重要部门之一，主要从事传统和现代发酵工程技术及产品的研究开发，涉及优良工业微生物菌种选育、发酵代谢调控与工艺设计、新型酶制剂开发与应用、发酵产物后提取等，为我国发酵有机酸、酶制剂、淀粉糖、活性干酵母、调味品等产业的发展作出过重大贡献，曾主持完成我国第一个星火计划项目，发酵法衣康酸生产技术输出美国ADM公司。近年来研发部相继开发出一批具有独立知识产权的优良生产菌种和生物工程新技术，乳酸、赤藓糖醇、纳豆胶囊、低聚果糖等产品的研发水平国内领先，行业应用取得良好效益。目前承担科技部科技基础条件平台项目、科技支撑计划项目、院所专项基金项目、环保部公益性科研专项以及企业委托研发项目共计10余项，技术入股中食歌瑞科技发展有限公司和北京燕京中发生物技术有限公司。
主要研究领域：
§ 工业微生物菌种资源的保藏管理
§ 工业微生物菌种的选育及功能基因分析
§ 生物指示剂的研究与应用
§ 发酵法生产赤藓糖醇、木糖醇
§ 发酵法生产L-乳酸、曲酸、琥珀酸
§ 纳豆发酵及纳豆胶囊的研究与开发
§ 功能性低聚糖的研究和产业化
§ 食品发酵行业废水废渣减排技术
研究团队：黄玲 李虹 李金霞 裴疆森 宋国勇 姚粟