财政部财政科学研究所成立于1956年，我国1978年恢复研究生培养制度后，本所的研究生培养工作即于当年开始，迄今已35年。
本所研究生培养工作在所长办公会议和所学位委员会共同领导下进行。研究生培养工作最初由所办公室负责管理。1982年，经财政部批准，本所正式设立研究生部，专门从事研究生教育管理工作。研究生部目前设有教务处（含招生办、学位办）、办公室（含学生办）、财政教研室、会计教研室、MPAcc办公室。研究生部主要负责招生、课程安排、课程教学、学位申请、教师及学生后勤、学籍管理、学生政治思想及毕业生派遣等工作，并承担科研及其它临时交办任务。目前有专职教职员工33人（不含承担教学任务的所内科研人员），其中19人有高级专业技术职务资格。
1978年本所开始招收硕士研究生，1982年开始招收博士研究生，均是国家教育部、国务院学位委员会批准的第一批招收硕士、博士研究生的单位。本所还有我国第一个会计电算化博士点。从1978年到2013年，本所已招收硕士研究生36届、博士研究生32届。
本所设有财政学和会计学2个专业，分属经济学、管理学两个一级学科，具有博士、硕士学位授予权，并有授予同等学力人员硕士学位的资格。其中，财政学专业硕士研究生设6个培养方向，即财政政策理论、国有资产管理、国家税收、税收征管信息化、宏观调控与财政、投资与财政；财政学专业博士研究生设4个培养方向，即财政理论与政策、财政理论与税收、宏观调控与财政、投资经济与财政；会计学专业硕士研究生设4个培养方向，即管理会计、财务会计、财务管理、会计信息化；会计学专业博士研究生设3个培养方向，即会计理论、财务与会计、会计信息化。2004年本所作为国内第一批试点单位之一开展了MPAcc（会计硕士专业学位）教育工作，2012年新增审计硕士专业学位招生。
本所拥有一支力量强大的研究生指导教师队伍。指导教师科研成果丰富、学术造诣高深、具有丰富的教学经验和实践经验，在我国经济学界享有盛誉。现有博士研究生指导教师51人、硕士研究生指导教师120人、仅指导会计硕士的导师18人，审计硕士导师27人。本所还特聘一部分长期从事实际工作和理论研究、造诣深厚的专家为特聘教授为研究生授课，还经常邀请国内外著名学者前来举办各种讲座和学术交流活动。
多年来，本所为我国财政、税务、会计及财务界培养了大量的高级人才。截止2013年8月底，本所已授学位总数为2739个，其中博士学位593个，硕士学位2146个（含同等学力在职申请硕士学位人员）。本所培养的研究生毕业后，主要进入国家财税系统、各类金融机构、教育科研部门、大型企业、跨国公司、投资机构、注册会计师事务所、财务软件开发机构（公司）以及外汇、期货、房地产交易等单位工作，有的已成为财政、税务、财务和会计方面的知名专家学者，有的已在国家政府部门和地方领导机关、大型企事业单位中担任重要领导职务。因而本所研究生部也被业内人士称为财政界的“黄埔军校”。