环境与生物工程系是化学与环境工程学院下设的教学科研单位，现有教职工17人，其中教授6人，副教授(高工)5人。拥有环境科学与工程一级学科，设立环境工程、环境科学和生物化工专业硕士点以及环境工程和环境科学专业博士点，其中环境工程和环境科学专业设有博士后科研流动站。环境工程是北京市重点学科，也是我校“211工程”重点建设学科。
环境与生物工程系在矿井水与选煤厂 废水净化和资源化技术、煤化工废水处理技术、微污染水源治理与修复技术、再生
水利用技术、矿业土地复垦技术、重金属污染土壤生物修复技术、典型流域生态修复与重建技术、燃煤锅炉燃烧固硫技术、高硫煤脱硫剂开发、矿业固体废物环境材料开发、煤炭工业清洁生产与循环经济等研究领域形成了矿业特色鲜明的研究方向，多项研究成果在国内外居领进水平。矿井水资源化技术、微污染水净化技术和盐碱地生态修
复技术已应用于多项工程，煤化工废水处理技术的研究取得显著进展，煤炭工业清洁生产与循环经济研究已在多个地方进行试点，高硫煤脱硫剂和矿业环境材料已经实现产品化，并进入国内市场，这些技术的研究和应用有力的推动了我国的环境保护事业的发展，创造了可观的经济效益和社会效益。
环境与生物工程系已培养硕士、博士研究生分别200人和30人。近年来，承担了“863”、“973”、国家自然科学基金、“九五”、“十五”、“十一五”国家重点科技攻关等项目，近三年来获得国家级科技进步奖1项，省部级以上科研奖励6项，批准专利10项，出版专著5部，发表论文200余篇，被SCI、EI和ISTP检索50篇。