中国科学院微生物研究所工业微生物与生物技术研究室成立于2008年9月，其前身为中国科学院微生物研究所酶学研究室，代谢与发酵工程研究室和微生物分子遗传与育种研究室部分研究组。
研究室学科定位：以工业微生物为资源，以现代生物技术为手段，提高目标产物的产率与效率，进行生物能源、生物材料、生物催化剂和生物基化学品等的技术开发。
研究领域和未来的研究方向：开展生物质资源微生物转化技术研究，开发生物能源新技术与新产品；开展利用微生物发酵、酶法合成技术生产生物材料的研究，开发新型生物材料单体及其聚合物；在微生物基因组学基础上，进行特定化合物生物合成的代谢途径与代谢网络的研究，开发微生物初级代谢产物，次生代谢产物与重要生物基化学品；开展微生物酶蛋白或全细胞的生物催化功能研究，进行重要酶蛋白产生菌株的菌种优化、酶基因改造与高表达、开发新的工业酶制剂，从而在整体上提高我国在生物技术研发领域中的国际竞争力。主任：陶勇 目前研究室共由9个研究组组成，现有院士1名、研究员8名，副研究员10名，固定人员共38名，其中包括有百人计划1名。