植物基因组学国家重点实验室成立于2003，由中国科学院微生物研究所与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建，其前身是1990年成立的中国科学院植物生物技术开放实验室。实验室的总体定位为：从国家战略需求出发，以主要农作物、经济作物以及重要模式植物为材料，系统地开展植物和植物病原微生物的功能基因组学研究，着重于大规模新基因的克隆鉴定、功能分析和潜在应用价值的探索，推动植物生物技术的源头创新和转基因植物产业化。建立我国植物基因组学理论体系和技术平台，使实验室成为国内植物基因组学源头创新研究的中心，不断提高在国际上的竞争力和影响力。
农业微生物与生物技术研究室是中科院微生物所的5个研究机构之一，由植物基因组学国家重点实验室（微生物所部分）和本所其它课题组组成。主要以我国农作物的重要微生物病害，如水稻稻瘟病、白叶枯病、植物病毒病、棉花黄萎病和十字花科植物黑腐病等作为研究模式，开展病原微生物与植物相互作用分子机理及植物抗病生物技术的基础研究和应用基础研究。
人员组成：
研究室主任：方荣祥 研究员 中国科学院院士 重点实验室学术委员会主任
研究室副主任：钱韦 研究员 重点实验室副主任
行政秘书：王忠勤
技术行政秘书：武瑶
目前农业微生物与生物技术研究室共由8个课题组组成，其中6个课题组隶属于植物基因组学国家重点实验室。现有院士1名、研究员8名，副研究员4名，固定人员共20余名，其中包括“百人计划”4名，国家杰出青年基金获得者1名。
研究方向：
1.重要病原微生物功能基因组学及致病分子机理研究
2.植物病毒与寄主防卫系统的分子互作
3.植物先天免疫机制的解析及在作物抗病育种中的应用
4.植物基因表达的调控机制及其在植物生物技术上的应用
重要进展：
1. 植物与病毒在RNA沉默水平上的互作及人造miRNA抗病毒新策略
2. 野油菜黄单胞菌的功能基因组学与致病机理
3. 植物抗病毒活性化合物的筛选及其抗病机理
4. 棉纤维发育相关基因的功能分析