军队保卫系于1951年8月根据党中央领导同志的指示在中央公安干部学校组建，设立之初称武装保卫系。1984年公安大学成立时，更名为军队保卫系（简称军保系）。该系在军内又称总政治部保卫干部训练班，是培养军队政法和保卫干部的重要基地，接受总政保卫部和公安大学双重领导。军保系现有干部6人，设党总支，下辖教工党支部和学员队临时党支部。
军保系建系60年来，始终着眼部队需要，坚持军警融合人才培养模式，开展多种形式的教育培训工作。上世纪五十年代至六十年代，主要担负全军保、检、法部门业务骨干培训，同时承担军队法院、检察院系统领导干部培训。"文革"期间，学校停办，军队保卫干部培训也随之停止。1977年恢复办学后，继续担负培训全军保、检、法干部的任务，同时开办了军队保卫干部大专学历教育。八十年代后期至今，主要负责全军和武警及公安边防部队保卫处、科长培训和相关专业技术干部培训。2004年开始，承担了军队驻京部队保卫干部研究生课程班的教学组织和管理工作。
目前，主要负责全军保卫处、科长培训和相关专业技术干部培训；负责全军保卫干部的继续教育工作；协助有关部门做好保卫部门国防生的招收、选拔和管理工作。
近年来，根据军委、总政首长的指示要求，军保系逐步扩大培训规模，培训数量大幅度增加，培训方式进一步改进，教学质量不断提高，极大地促进了军队保卫干部整体素质的优化和提升。经过公安大学培训的军队保卫干部，有些还走上了重要领导岗位，成为部队建设的中坚力量。据统计，参训学员成为军以上领导干部的有近30位。有的转业到地方工作后，继续从事政法、公安工作，为维护社会稳定和谐做出了重要贡献。
新时期，军保系将继续坚持以党的创新理论为指导，深入学习贯彻科学发展观，认真落实胡主席提出的"四个特别"（政治上特别坚定，思想上特别纯洁，作风上特别过硬，业务上特别精通）要求，进一步做好干部培训工作。努力提升培训层次，提高培训质量，在扩大全军保卫处、科长培训规模的同时，增办专业技术培训班、保卫部门领导干部研讨班等；努力改善办学条件，扩大培训规模，适应不断成长的保卫干部人才需求。着力提高全军保卫干部的学历水平和能力素质，争取面向全军开办远程教育研究生课程班和在职法律硕士班；积极推动军保系干部队伍由管理型向教学型转变，组织力量研究制定军队保卫专业教材规划，开展教材编写工作。同时，努力加强自身建设，树立良好形象，以更加饱满的精神状态，更高的工作标准，积极为公安大学实现创建国际一流警察大学的办学目标贡献力量。