高技术研发中心是高能所创新研究体系的重要组成部分，以高能所雄厚的科研实力和先进的大科学实验设施为依托，在高能所已有的先进技术基础上，以技术创新、系统集成为手段进行科技成果转化和高科技新产品开发，为推动我国的高新技术产业化、促进国民经济发展做贡献.
主要从事高技术研发和系统集成，重点支持国家、企业在相关领域急需的关键技术、部件的研发和设备级系统集成，是高能所先进射线技术应用及先进加速器技术成果转化的基地,研制出了10MeV/15KW电子辐照加速器，大型工业CT等。现阶段工作重点是研制射线医学诊断设备（PET、SPECT、PET/CT、SPECT/CT）、各种类型的显微及通用CT系统、系列化的工业辐照加速器、基于加速器的X射线源等。研发中心还具备不同类型探测器及相应电子学、核谱学测量仪器、S波段及L波段加速管等加速器关键部件的研发和深度定制研制能力。
研发中心还以社会需求为目标导向，采取灵活方式与地方、部委及企业合作，促进科技成果的转移转化。