中国科学院物理研究所的前身是成立于1928年的中央研究院物理研究所和成立于1929年的北平研究院物理研究所。1950年在两所合并的基础上成立了中国科学院应用物理研究所。1958年更名为物理研究所。
2014年，中国科学院物理研究所面向全国招收硕士研究生，计划招收121名左右，具体招生人数以上级下达的招生指标为准。