为进一步推进首都基础教育现代化，促进首都基础教育均衡发展，实现北京成为首善之区的发展目标，强化首都师范大学为社会服务职能，不断探索为首都基础教育可持续发展服务的新途径、新形式，加大服务力度，突出服务特色，提高服务质量，形成多层次、全方位、综合化、立体式的基础教育服务体系，首都师范大学于2006年12月成立首都基础教育发展研究院。
首都基础教育发展研究院是集科学研究、人才培养、社会服务于一体的综合性教育服务机构。研究院立足校内资源，充分整合学校为北京市基础教育服务的各个项目和相关机构，统一规划，统一组织，统一管理；广泛聚合北京市优质教育资源，建立精良的基础教育研究与服务队伍，加强国际、国内交流与合作，构建开放式的合作平台。
首都基础教育发展研究院下设基础教育研究中心、教师教育研究中心和教育咨询与项目开发研究中心。主要负责教育服务理论和实践的研究、本市基础教育现状、发展趋势和课程改革等问题的研究，为北京市政府基础教育决策提供咨询。研究院成立后，原“首都师范大学基础教育研究所” 同时撤销，其相关职能并入首都基础教育发展研究院，原“教育部首都师范大学基础教育课程研究中心”挂靠在“基教院”。
首都基础教育发展研究院在加强服务于首都基础教育的同时，承担培养具有学科特色的硕士和博士研究生的培养任务。