北京中医药大学创建于 1956 年。是中华人民共和国最早成立的高等中医药院校之一，是唯一一所进入国家 “211 工程 ” 建设的高等中医药院校，是国家教育部直属的重点大学。
北京中医药大学分东、西两校区，校本部设在西校区。学校主要任务是培养德、智、体全面发展的高层次创新型中医药人才和管理人才。学校在办学层次、学科门类、科学研究、医疗水平、办学效益、对外合作等方面居于全国中医药院校的前列，是中国培养高层次中医药人才、解决中医药重大科技问题、防治重大疾病和现代难治病的重要基地，为中国中医药事业的发展做出了巨大贡献，在国内外享有盛誉的集教学、科研、医疗、产业四位一体的高等中医药学府。
学校是全国首批招收中医药研究生 和具有 博士、硕士授权的单位之一。 1978 年开始招收硕士研究生，开中医药学发展史研究生教育之先河； 1983 年开始招收博士研究生； 1986 年开始接收台港澳及外籍在读研究生； 1987 年被批准在职人员以同等学力攻读硕士学位的授权单位； 1995 年开始接收博士后工作人员进站工作，是全国高等中医药院校中首批建立博士后流动站的单位之一； 1998 年被批准为开展临床医学（中医、中西医结合）博士、硕士专业学位培养的试点单位； 2001 年经国家教育部批准并开始招收非医学专业本科毕业生攻读中医学博士学位研究生。
北京中医药大学现设有中医学、中药学、中西医结合 3 个一级学科和社会医学与卫生事业管理学科。目前拥有中医学、中药学、中西医结合 3 个一级学科博士学位授权，其中硕士学位授予点 26 个，博士学位授予点 21 个以及中医学、中药学、中西医结合 3 个博士后流动站。
截止 2007年9月，学校在校研究生已达1802人，其中博士生 569人、硕士生1233人，其中外国留学生及港澳台研究生占研究生总数17% ，留学生研究生来自亚洲、非洲、北美洲、南美洲、欧洲、大洋洲 近30个国家。另有在职人员以同等学力申请学位课程学习 647人。 20 多年来学校共为社会培养研究生 2403 人，其中博士 884 人、硕士 1519 人。 3 个博士后流动站先后有 69 人进站工作，已出站 47 人。
北京中医药大学研究生导师队伍力量雄厚，截止 2007年9月，共有博士生导师 175 名，硕士生导师 300余名。
学校现有一级学科国家重点学科2个(中医学、中药学）、共有15个国家重点学科建设学科（中医基础理论、中医诊断学、方剂学、中医内科学、中西医结合基础、中药学、中医临床基础、针灸推拿学、中医医史文献、中医外科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学及民族医药），国家中医药管理局重点学科 10 个（中医内科脑病学科、中医内科呼吸学科、中医内科内分泌学科、中医内科血液病学、中药药理学、临床中药学、中药生药学、中医基础理论、中医诊断学、针灸学），北京市重点学科 3 个（中医医史文献、中医临床基础、中医外科学），为全国高等中医药院校中拥有国家和部局级重点学科数量最多，涵盖学科面最广的院校。
北京中医药大学拥有较强的科研实力，科研工作以承担国家级、省部级课题为主，其中包括国家 “ 攀登计划 ” 、 “863” 、 “973” 以及自然科学基金重点课题。学校现有 2 个教育部重点实验室， 2 个北京市重点实验室。学校还与北京师范大学共建一个国家大学科技园，拥有 1 个教育部工程中心和 1 个教育部网上合作中心。
1999 年，学校研究生部被教育部、国务院学位委员会授予 “ 全国与研究生教育管理工作先进集体 ” 荣誉称号。在研究生教育中，学校严把入学质量关，研究生录取严格按国家统一录取标准；对研究生的知识掌握明确提出 “ 一级学科的信息 ” 、 “ 二级学科基本功 ” 和 “ 三级学科专功 ” 的三级要求；强调研究生教育与学科建设紧密结合，重视二级学科培养规范，学位课程设置体现了中医基础与临床、中医药学与现代生命科学紧密结合的趋势。近几年来，在不断加大博士生以及外国留学生在研究生中的招收比例的同时，积极开展在职人员以同等学力申请学位、博士后进站、基础学科优秀研究生提前攻读博士学位等工作。学校在遴选本校博士生导师的同时，还接受校外兼职博士生导师的申请。北京中医药大学的研究生教育经过奠定基础、调整稳定、逐步发展，目前已经形成具有一定规模的、专业门类比较齐全的中医、中药、中西医结合研究生教育体系。
新世纪北京中医药大学的研究生教育将迎来新的发展局面。经过 “ 十五 ” 期间的努力，中医、中药、中西医结合等学科建设将更上台阶，培养高层次创新型人才以及解决中医药重大科技问题的能力显着提高，科技产业长足发展，对外交流与合作不断扩大，中医药行业优势突出，通过努力，北京中医药大学将建设成为具有国际影响、国内一流的中医药大学。