中央音乐学院自1950年建院时就创设了“民族音乐研究所”，将此作为建设新型音乐学院的重要方针之一。其后，学院研究机构先后更名为“创作研究部”（1977年），“音乐研究所”（1985年），其学术水平一直居全国领先地位，研究成果产生了广泛的影响。1999年音乐研究所开始申报教育部“普通高等学校人文科学重点研究基地”。在教育部和学院的直接关心和领导下，我所进行了近两年的全面的整改，于2001年9月通过审核，正式成立了“音乐学研究所”，成为全国艺术学科唯一的国家重点研究基地。
经过半个多世纪的建设和积累，几代学者心血和努力，目前本所拥有由老、中、青三代几十位学者组成的全国一流的音乐学科研队伍，在音乐学诸多科研领域，如中西音乐史、音乐美学、民族音乐学、作曲技术理论与创作研究、音乐教育、音乐表演理论研究等领域，都有丰硕成果。