北京交通大学马克思主义学院的前身是马克思主义理论教学研究部、社会科学部和思想教育研究室。1996年学校成立文理学院，下设系所机构包括社会科学部、思想教育研究室等。1998年7月，文理学院划分为理学院和人文学院，人文学院下设社会科学部等系所、中心。
2009年5月，北京交通大学[校人发2009]14号文件明确：“社科部更名为马克思主义理论教学研究部，纳入学校直属管理”。马克思主义理论教学研究部从此成为直属学校领导的思想政治理论课教学与研究二级机构。
为进一步贯彻落实中共中央和中宣部、教育部关于加强思想政治理论课建设的有关文件精神，2011年4月14日，中共北京交通大学第九届委员会常务委员会研究决定，原人文学院的马克思主义教学研究部和文化教育中心组合成立马克思主义学院。北京交通大学[校人发2011]19号文件明确：“马克思主义学院是直属学校领导的思想政治理论课教学与研究二级机构，是思想政治理论课教学部门和马克思主义理论研究机构，是马克思主义理论学科建设的依托单位”。
马克思主义学院现有教师48人，其中教授9人，博士生导师7人。学院现有国务院政府特殊津贴专家2人；教育部马克思主义理论研究与建设工程专家1人；全国宣传文化系统“四个一批”人才1人。
马克思主义学院设有马克思主义基本原理教研室、毛泽东思想与中国特色社会主义理论体系教研室、思想品德修养与法律基础教研室、中国近现代史教研室、文化教育中心等5个教研室及中心，同时还包括6个研究所和研究中心。
马克思主义学院现有思想政治教育博士点1个；马克思主义理论一级学科硕士点1个；马克思主义哲学、思想政治教育、马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、科技哲学、马克思主义发展史等二级学科硕士点6个。
马克思主义学院承担着全校本科生、硕士研究生和博士研究生三个不同层次的思想政治理论课教学任务。学院教师在完成繁重的教学任务的同时，还高度注重科研工作，先后出版和发表了一批具有较高学术水平的专著和论文，并承担了多项国家和省（部）级科研及教学改革项目。