2007年，教育部公布新的国家重点学科名单。本轮国家重点学科建设首次设立一级学科国家重点学科。清华大学，北京协和医学院—清华大学医学部共有一级学科国家重点学科22个，二级学科国家重点学科15个，国家重点（培育）学科2个。名单如下：
一级学科国家重点学科（22个）：
数学
物理学
生物学
力学
机械工程
光学工程
材料科学与工程
动力工程及工程热物理
电气工程
电子科学与技术
信息与通信工程
控制科学与工程
计算机科学与技术
建筑学
土木工程
水利工程
化学工程与技术
核科学与技术
生物医学工程
管理科学与工程
工商管理
药学
二级学科国家重点学科（15个）：
数量经济学
设计艺术学
专门史
分析化学
精密仪器及机械
环境工程
免疫学
病理学与病理生理学
内科学
皮肤病与性病学
影像医学与核医学
外科学（骨外、胸心外）
妇产科学
肿瘤学
麻醉学
国家重点（培育）学科（2个）：
物理化学（含化学物理），外科学（普外）