清华大学教育研究机构始建于1979年10月，当时名为“清华大学教育研究室”，1985年11月扩建，改名为清华大学教育研究所。1998年教育技术学硕士点获得教育部批准，之后成立教育技术研究所。为适应新时期高等教育事业发展和学术研究质量提高的需要，2009年3月经清华大学学术委员会讨论通过，由校务委员会批准，教育研究所与教育技术研究所合并正式成立清华大学教育研究院。
本院下设高等教育、教育政策与管理、教育技术、基础教育四个研究所以及《清华大学教育研究》杂志编辑部和办公室。现有在职教师 25 人，其中教授 7 人，副教授 9 人，讲师7 人；另外兼职教授、其他研究及工作人员40余人。全院教师中拥有博士学位者 18 人。
教育研究院设有高等教育学、教育经济与管理学博士和硕士点，教育技术学硕士点。自1990年开始招收研究生，为高等学校、国家机关、教育管理部门以及重点企事业单位培养输送了高质量的毕业生；同时，教育研究院还招收教育专业博士（EdD）研究生、研究生课程进修学员，旨在为学校和教育管理部门培养教学研究和管理骨干。
以本院为秘书处的清华大学教育研究会和清华大学高等教育学会，分别成立于1986 年和2004年。作为群众性的学术研究团体，设有 13 个研究小组，拥有会员200 多人，充分调动了全校广大教工开展教育研究的积极性，力求理论研究与改革实践密切结合。
目前，清华大学教育研究院正为发展我国高等教育科学事业，为建立有中国特色的社会主义高等教育制度和体系，为我校建设世界一流大学目标的实现做出应有的贡献。