北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。
医院占地面积5.9万平方米，首期建筑面积10.8万平方米，编制病床800张，实际开放病床953张。医院总资产现已达到9.3亿元，拥有总价值超4.0亿元的现代化医疗设备。
医院现有员工近2000名。其中拥有副主任医师以上职称的高级技术人才近500名，硕士以上学位人员450名，有海外留学经历人员100名左右。
医院开设52个临床医技科室，其中1个国家级合作重点学科、1个省级重点实验室、1个省级特色医学专科、4个市级重点学科及实验室。医院开展的一大批医学高新技术和特色服务项目，吸引了深圳、香港、澳门以及周边地区的大批患者，还有来自全球36个国家和地区的外宾前来就诊。2010年医院年门急诊总量近230万人次，年出院病人近4.2万人次，年手术量2.4万台次。
作为临床医学院，医院设立了内、外、妇、儿等二级教研室23个，三级教研室27个。年接收北京大学本科、研究生、临床实习生50多名，其他实习、进修人员100多名。现已建立博士后科研工作站1个，博士培养点5个，硕士培养点37个，共有硕士、博士导师76名。现承担10多项国家、省自然科学基金项目，630多项国家、省部、市级科研课题，并获得多项国家、省、市科技成果和国家专利。
医院与北京大学、香港科技大学在技术和学术方面展开了广泛的交流与合作，逐步拓展对外交流渠道。医院与日本东京癌研病院建立了姊妹医院关系，并与国际知名的美国休斯顿医学中心、华盛顿大学医学中心、加利弗尼亚大学旧金山医学中心和法国尼斯医学中心建立了密切的交流合作关系，并多次互访增进合作。
目前，医院二期规划建设工程已经开工，发展规模进一步扩大，新建外科住院楼等医疗建筑群体，届时，医院总建筑面积达21.1万平方米，病床总数达1200张，停车位816个。
“仁心仁术，博学博爱”。伴随这一使命和责任的传承，年轻的北京大学深圳医院将在“同享医学成果，共度健康人生”的路上，执着、坚定地不断前进!