日前，国务院学位委员会公布了2010年审核增列的一级学科博士和硕士学位授权点名单，温州医学院上报的一级博士、硕士学位点均获批通过，分别为临床医学一级学科博士学位授权点和生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学等5个一级学科硕士学位授权点。这是该校学科建设发展的又一次飞跃，实现了一级学科博士点零的突破。
该校现拥有1个省部共建国家重点实验室培育基地、8个省部级重点实验室(研究中心)、4个浙江省重中之重学科、10个浙江省高校重点学科及1个省医学重点学科群、10个浙江省医学重点学科和5个省医学重点扶植学科，形成了一批诸如眼视光学、临床检验诊断学、外科学、药学、妇产科学、儿科学、麻醉学、内科学、遗传学等独具特色的学科。
至此，该校已拥有临床医学1个博士学位授权一级学科，临床医学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学等7个硕士学位授权一级学科，二级学科博士点由原来的3个增至18个，二级学科硕士点由原来的28个增至48个。并有临床医学一级学科博士后科研流动站，具有临床医学硕士、中药学硕士、口腔医学硕士和工程硕士专业学位授予权，研究生学位教育体系更趋完善。
同时，该校非常注重提升研究生培养质量，近三年在浙江省学位论文抽查中平均分均高于当年全省平均分，并连续两年排名第一。各届研究生就业率均达到或接近100%。目前该校有在校全日制博士研究生近70人，全日制硕士研究生2000多人。