2014年，中国科学院上海药物研究所计划在药物化学、药理学、药物分析学、药剂学、药物设计学等五个专业招收学术型硕士学位研究生88名左右，在制药工程、药学硕士二个专业招收全日制专业学位硕士研究生10名左右。另代上海科技大学招收学术型硕士学位研究生25名左右，总计招研究生123人作用。资料显示，中国科学院上海药物研究所硕士生录取类别分为非定向就业和定向就业两种，定向就业的硕士研究生均须在复试时与学校、用人单位签订定向委托培养合同。
资料显示，中国科学院上海药物研究所是药学一级学科博士、硕士学位培养单位，拥有新药研究国家重点实验室、国家新药筛选中心、中药标准化技术国家工程实验室等三个国家级实验室，设有药物化学合成研究室、天然药物化学研究室、药理学第一研究室、药理学第二研究室，药理学第三研究室等五个研究室，并建有药物发现与设计中心、药效评价研究中心、药物安全评价研究中心、药物代谢研究中心、药物释放系统研究中心、中药现代化研究中心、常州药物研究开发中心等一系列新药研发技术平台以及分析化学室、实验动物室、图书情报室和期刊联合编辑部等支撑部门；主办了英文学术杂志Asian Journal of Andrology和Acta Pharmacologica Sinica，并主办以非处方药物为主的科普杂志《家庭用药》。