南京理工大学研究生教育始于1978年，现有18个博士学位一级学科授权点，116个硕士学位授权点，有工程硕士专业学位、EMBA、MBA、MPA、高校教师在职攻读硕士学位、在职人员以同等学力申请博士、硕士学位的授予权。
目前学校研究生导师1115人（其中博士生导师407人），各类在籍研究生12000余人。
2014年拟招收硕士研究生2480人。