作为教育部指定的14所实施研究生培养机制改革的重点高校之一，华南理工大学自2007年起实行研究生培养机制改革，在现有国家拨款的基础上，华南理工大学在2012年继续推行研究生培养机制改革，将加大各方面资金的投入力度，实施新的研究生奖助学金资助体系。奖助学金实行动态管理。进一步完善以科研工作为主导的导师负责制，实现研究生教育与科研工作的更紧密结合，进一步明确导师在研究生培养中的责权利，全面激发导师和研究生的积极性和创造性。
2011年招收的博士生中，100%的非在职全日制博士可申请奖助学金的资助，资助力度为每月不低于1600元。
2011年招收的硕士生中，100％的非在职学术型硕士研究生能获得三等以上的奖学金，约55%的非在职专业学位硕士研究生能获得二等以上奖学金（奖励对象为除软件工程领域外的工程硕士、建筑学硕士、风景园林硕士，其他学位类别学费及奖学金由学院自设）。奖学金采用滚动评定的方式，每年评一次。华南理工大学2011年硕士研究生招生分为三种类别：普通全日制、定向培养（强军计划、少高计划）、委托培养。
纳入奖助学金资助体系的学术型、专业学位硕士生学费与奖学金标准
| 录取类别 | 奖学金类别 | 奖学金金额 | 全校资助平均比例 |
学术型 (不含0504艺术学各专业) | 一等奖学金 | 奖励一学年的全额学费和400元/月奖学金（在读期间按月发放） | 50％ |
二等奖学金 | 奖励一学年的全额学费 | 15％ | |
三等奖学金 | 奖励5000元一学年的学费（即理工科缴3000元/年、文科缴2000元/年学费） | 35％ | |
学术型 (0504艺术学各专业) | 一等奖学金 | 奖励一学年的全额学费12000元(即免学费) | 50％ |
二等奖学金 | 奖励一学年的部分学费8000元(即交4000元/年学费) | 15％ | |
三等奖学金 | 奖励一学年的部分学费5000元(即交7000元/年学费) | 35％ | |
注：学术型硕士学费标准：理工科8000元/年；文科7000元/年; 艺术学专业12000元/年。各类别均按学年缴纳学费。 | |||
专业学位（仅面向除软件工程领域外的工程硕士、建筑学硕士、风景园林硕士） | 一等奖学金 | 奖励8000元(即免学费) | 25% |
二等奖学金 | 奖励4000元(即交4000元/年学费) | 30% | |
无奖学金 | 全额缴纳学费(即交8000元/年学费) | 45% | |
注：上述专业学位类别硕士学费标准：8000元/年。各类别均按学年缴纳学费。 | |||