河海大学研究生教育始于50年代，是国家首批招收博士、硕士研究生的单位和全国最早开展研究生教育的学校之一。现有1个一级学科国家重点学科（水利工程），7个二级学科国家重点学科,4个一级学科（群）为江苏省优势学科，2个一级江苏省重点学科；10个国家级以及省部级重点实验室，7个国家级以及省部级工程研究中心；9个博士后流动站；12个一级学科博士点，58个二级学科博士点，34个一级学科硕士点，185个二级学科硕士点，11种硕士专业学位类别，其中工程硕士专业学位涉及18个工程领域。水利工程、土木工程两学科综合实力全国领先，尤其是水利工程学科总体实力最强，在教育部一级学科评估中位居全国第一；支撑及相关学科门类较多，水利及支撑学科人才梯队的综合实力处于国内一流地位。目前，各类学历教育在校学生44000多名，其中研究生13000多名。
学制、学费与奖学金
学术型硕士研究生标准学制为3年，全日制专业学位研究生标准学制2年。
按照国家政策，从2014年入学的研究生开始实行收费制度，学校将按照国家和江苏省的规定收取学费。
为完善研究生培养的激励机制，吸引优质生源，学校将建立国家助学金、国家奖学金、学业奖学金、专项奖学金、单项奖学金、“三助”奖学金、国家助学贷款等多元奖助体系。具体评定办法按河海大学相关文件执行。