重庆大学从2008年开始实施研究生培养机制改革，建立以科研为导向、鼓励优秀为目的的动态奖助体系。按照国家政策，从2014年入学的研究生开始实行收费制度。学校将按照国家和重庆市的规定收取学费，同时向全日制硕士生提供以下奖、助学金：
1、国家助学金
面向全日制硕士生（在职定向除外）提供每生每年6000元的国家助学金（具体办法请查询http://yz.chsi.com.cn/）。
2、国家学业奖学金
在学制年限内符合条件的大部分研究生（在职定向培养、国防生及电影学院研究生除外）可获得学业奖学金，具体办法请查询http://yz.chsi.com.cn/）。学业奖学金实行动态管理，每学年评选一次。
3、国家奖学金
在学制年限内符合条件的优秀研究生可申请国家奖学金（博士每生每年3万元，硕士每生每年2万元，每学年评选一次）。
4、新生奖学金
学校设立优秀新生奖学金，优秀者有机会获得2万元、1万元、5千元的一次性奖励。复试阶段可向所报考学院申请。
5、其他奖助金
学校设立了创新基金、院士基金、国际交流基金、三助（助教、助研、助管）岗位等，具体名额和金额根据学校相关文件执行。
6、对家庭经济困难的研究生，可按照相关文件规定申请困难补贴及助学贷款。