自2014年秋季学期起，全日制研究生实行学费收缴制度，收缴标准为（不包括MBA研究生）：硕士生每生每年8000元。第一志愿报考我校被录取的非定向研究生，第一学年将获得学业奖学金8000元和国家助学金6000元。
调剂被我校录取的非定向研究生，第一学年将获得学业奖学金4000元和国家助学金6000元。其它学年学业奖学金通过评定发放，奖金分别为12000元（20%）、8000元（50%）和6000（30%），国家助学金6000元保持不变。同时，非定向研究生还可以申请企业、社会团体和个人在我校设立的研究生奖助学金。此外，学校每年将投入一定经费，作为研究生勤工助学基金，面向全日制研究生设立研究生助教、助管岗位，并建议研究生导师根据研究生助研业绩发放研究生助研津贴。
对家庭经济困难和在校学习期间因其家庭或本人遭遇特殊灾害或发生突发性重大事故、疾病等原因而产生的临时生活困难的研究生，学校将采取综合减免学费、发放特殊困难补助等方式，加大资助力度。具体内容详见《南京林业大学研究生奖助学金体系改革实施方案（试行）》。