为深化研究生教育管理体制机制改革，进一步提升研究生培养质量，更好地为国家和地方经济社会发展服务，日前，经扬州大学党委常委会研究决定，成立研究生院。扬州大学研究生院下设综合办公室、招生办公室、学位与培养办公室、专业学位教育办公室、教育管理与就业指导办公室等5个办事机构。
扬州大学研究生院的主要职责是：在学校统一领导下，组织学校研究生教育的改革，开展研究生教育研究工作；研究制订学校研究生教育发展的中长期规划和年度招生计划；制订研究生教育的各项规章制度，做好研究生教育管理的日常工作，遴选研究生指导教师，加强研究生管理干部队伍建设，对研究生教育和学位授予质量进行检查和评估；参与制订学校学科建设规划；统一管理有关研究生教育的各种经费、基金，合理使用研究生教学和管理人员编制，参与确定学校涉及研究生教育的建设项目和经费预算等。
据介绍，扬州大学是全国首批具有博、硕士学位授予权的研究生培养单位。近年来，该校学位点建设成效显著，研究生教育规模快速增长，形成了多层次、多类型的培养体系。目前，全校在籍研究生近8000人，拥有一级博士点11个，一级硕士点43个；二级博士点53个、二级硕士点225个；博、硕士专业学位14种。先后有4篇论文获全国优秀博士论文，5篇论文获全国优秀博士学位论文提名奖。