专业学位与学术型学位处于同一层次，只是培养规格各有侧重，在培养目标上有明显差异。学术型学位按学科设立，其以学术研究为导向，偏重理论和研究，培养大学教师和科研机构的研究人员；而专业学位以专业实践为导向，重视实践和应用，培养在专业和专门技术上受到正规的、高水平训练的高层次人才。专业学位教育的突出特点是学术型与职业性紧密结合，获得专业学位的人，主要不是从事学术研究，而是从事具有明显职业背景的工作，如工程师、医师、教师、律师、会计师等。专业学位与学术型学位在培养目标上各自有明确的定位，因此，在教学方法、教学内容、授予学位的标准和要求等方面均有所不同。
下面用一个列表分析一下专业硕士与学术硕士主要的区别：
| 全称 | 非全日制专业学位硕士 | 全日制专业学位硕士 | 全日制学术学位硕士 |
| 招生计划归属 | 国务院学位办 | 教育部 | 教育部 |
| 招生对象 | 面向一定工作年限和经验的在职人员 | 应历届高等教育毕业生（大专毕业工作２年以上） | 应历届高等教育毕业生（大专毕业工作２年以上） |
| 考生来源 | 联考一志愿报考考生（ＧＣＴ） | 统考一志愿和调剂考生 | 统考一志愿和调剂考生 |
| 招考时间 | 每年７月份报名１０月份考试 | 每年１１月份报名１月份考试 | 每年１１月份报名１月份考试 |
| 录取原则 | 招生学校自定 | 统考国家统一分数线 | 统考国家统一分数线 |
| 教学方式 | 主要利用双休日和假期教学 | 全日制教学 | 全日制教学 |
| 教学范围 | 按学科领域教学 | 按学科专业教学 | 按学科专业教学 |
| 授位类别 | 工程硕士学位证书 | 专业硕士学位证书、毕业证书 | 学术硕士学位证书、毕业证书 |
| 培养侧重 | 学术实践 | 学术理论与实践 | 学术理论与应用 |
| 过程管理 | 单独管理 | 学校统一管理 |
除了以上所列区别之外专业硕士与学术硕士还有以下几点区别：
第一，学制不同。普通硕士：全日制学习。一般为3年。专业硕士：半脱产，学制2-3年。
第二，学费不同。普通硕士录取为国家计划内（非定向、定向）的硕士生按国家规定享受免学费待遇。录取为国家计划外（委托培养、自筹经费）的硕士生须缴纳学费，一般为8000元／年，不同专业有所不同。对于自筹经费生、特困生等考生可通过请国家助学贷款或者商业贷款缓解学费的压力。专业硕士学费则按照不同专业类别差别较大。例如，MBA的学费要十几甚至几十万元，而工程硕士的学费一般为3-4万元。专业硕士学位一般不能申请国家助学贷款。
第三，培养模式不同。学术硕士只有一位研究生导师，主要辅导学生的学业而专业硕士实行双导师制度，一位校内导师辅导学习，一位校外导师辅导学生的社会实践。