国家烟气脱硫工程技术研究中心依托与四川大学和中国物理研究院组建而成，是我国唯一的国家级烟气脱硫工程技术研究开发机构。中心于2002年经国家科技部批准组建，2006年通过国家验收。
国家组建烟气脱硫中心的目的是：加速烟气脱硫技术创新，机制创新，加强烟气脱硫科技成果向生产力转化的中间环节，促进烟气脱硫技术产业化，有效推进我国二氧化硫污染防治，提高我国烟气脱硫技术水平，培育和发展我国新兴的烟气脱硫环保产业，由此带动我国环境工程技术水平提高和环保产业发展。
在十余年的发展过程中，中心与时俱进，在上级主管部门的指导下，积极调整自身结构、研发领域和创新目标以适应市场需求。形成了以管理委员会为政策引导机构，工程技术委员会为技术指导机构，在主任制领导下的产业发展部、研发部、综合部为一体的研发机构。同时中心发起成立国家烟气脱硫工程技术研究中心产业发展理事会，紧密团结全国大气污染治理行业各企事业单位力量，积极应对当今关系民生的空气质量污染问题。目前，中心有各类科研人员165余人，其中院士2人，研究员、教授、高级工程师60余人。
中心自成立至今，充分发挥国家级工程中心的功能，对内建立了产、学、研一体化平台，培养了大批研究生人才、研发了一批具有自主知识产权的脱硫脱硝技术、加速科学技术向产业化成果转化;对外针对烟气脱硫脱硝市场需求，适应国际国内烟气脱硫脱硝发展趋势，进行烟气脱硫脱硝新材料、新工艺、新设备等方面的创新研究，开展烟气脱硫脱硝信息服务、工程规划设计和技术服务、应用人才培养和对外咨询交流;并致力于发展培育和发展我国新兴的烟气脱硫环保产业链，是我国烟气污染防控治理的国家级科技平台和产业化基地。目前，为应对酸雨、温室气体、臭氧层破坏等全球性大气环境问题，适应我国节能减排和建设资源节约型、环境友好型社会的要求，国家烟气脱硫工程技术研究中心正对氮氧化物、二氧化碳、挥发性有机物的控制技术进行研究开发和产业化工作。
中心近年来完成了多项国家科技攻关计划，国家高技术产业发展计划、国家自然科学基金等重大重点科技计划项目的研究开发工作，承担了多项高新技术产业化示范工程项目;拥有自主知识产权的新型催化法、磷铵肥法、软锰矿法、脉冲放电等离子体法和电子束氨法等烟气脱硫脱硝技术。