东南大学能源与环境学院是2006年在动力工程系的基础上,与土木工程学院的环境工程系合并而成立的。能源动力方向最早可溯至东南大学1923年设置的机械工程系的蒸汽动力方向;环境方向可溯至1942年设置的卫生组(设置于当时中央大学的土木系，是当时国内最早开设卫生工程的高校之一)。1954年，由东南大学(时称南京工学院)机械系的热能动力装置专业、电力系的发电厂配电网与联合输电系统专业和工业企业电气化专修科组建动力工程系，并以此作为能源与环境学院正式创始，因此至今(2014年)已有60年的历史。
我国能源学科的著名专家和学者钱钟韩、吴大榕、范从振、王守泰、夏彦儒等先生和我国环境学科的老前辈许葆玖、纽式如、胡家骏、秦麟源等先生曾在此执教。学院一直以教学严谨、教学质量高著称全国，迄今为止，已培养15000余名高级专业技术人才。近10年来，培养了各类毕业生约3400余名，其中本科毕业生2000多名，硕士毕业生1200余人，博士毕业生200余人，本科毕业生中党员的比例约50%，研究生中党员比例约85%。学院毕业生成为我国能源动力行业骨干和中坚力量，其中包括中国科学院、中国工程院院士闵桂荣、中国工程院院士黄其励、徐寿波和于俊崇等。
学院现有教职员工共159人(不计调出人员与博士后)，其中专任教师133名，包括教授/研究员50名(含博士生导师35名)、副教授/副研究员55名(含博士生导师9名)、讲师28名。拥有中国工程院院士1名、国家863计划领域专家组成员1名、国家973计划专家咨询组成员1名、国务院学位委员会学科评仪组成员3名、国家重大专项专家组成员1名、国家级有突出贡献的中青年专家1名、国务院政府特殊津贴获得者13名、教育部长江学者特聘教授1名、国家万人计划青年拔尖人才1名、国家杰出青年基金获得者1名、国家优秀青年基金获得者1名、全国优秀博士学位论文获得者3名、霍英东优秀青年教师基金获得者4名、教育部跨世纪人才1名、教育部新世纪人才11名、教育部高等学校优秀青年骨干教师1名、江苏省六大人才高峰高层次人才4名、江苏省333高层次人才培养工程中青年首席科学家1名、江苏省333高层次人才培养工程 中青年科技领军人才5名、江苏省333高层次人才培养工程 中青年科学技术带头人7名、江苏省青蓝工程培养对象10名、江苏特聘教授1名、东南大学特聘教授2人名、东南大学青年特聘教授3名。
独立建有动力工程及工程热物理、环境科学与工程2个一级学科博士点和博士后流动站，内含热能工程、动力机械及工程、工程热物理、制冷及低温工程、环境工程等10个二级学科。动力工程及工程热物理和环境科学与工程为江苏省一级学科重点学科，动力工程及工程热物理为江苏省优势学科，热能工程二级学科为国家重点学科。热能工程和动力机械及工程为教育部长江学者奖励计划特聘教授设岗学科。拥有火电机组振动国家工程研究中心、能源热转换及其过程测控教育部重点实验室、低碳型建筑环境设备与系统节能教育部工程研究中心、环境医学工程教育部重点实验室(与东南大学公共卫学院共建)、江苏省污染治理与资源化工程技术研究中心、江苏省太阳能技术重点实验室、东大-江苏省电力设计院研发中心、国家级机械动力类专业人才培养模式创新实验区、电站仿真系统实验室、东南大学-三菱电机FA实验室、Wonderware联合实验中心等近二十个国家、省部级科研基地和各类科研平台等科研基地和教学平台。
近十年来，东南大学能源与环境学院承担国家及省部级以上科研项目400余项，其中：国家973课题、子课题20项，国家863重大项目、课题17项，国家科技支撑计划项目、课题23项，国家重大科技专项课题、子课题12项，国家自然科学基金课题130项，国际合作项目20余项，省部级科研项目180余项。2004~2013年科研经费到款53379.91万元，其中纵向科研经费23012.92万元，横向科研经费30366.99万元。2004-2014年8月年发表的SCI收录论文729 篇，EI收录论文1301篇，ISTP收录论文246篇。全院被 SCI 收录的论文的他引次数迅速增长，SCI收录论文被Web of Science 引用5218 次(他引4316 次)，每篇平均引用次数7.16次，H-index 指数高达31。2004~2013年申请国家发明专利798项，发明专利授权363项。与美国、英国、日本、加拿大、澳大利亚、意大利、韩国等近10个国家和地区的高校、科研院所和大型企业开展了实质性科研合作项目30余项，内容涉及煤燃烧、生物质燃烧、固废处理、新能源、传热和系统仿真等方向，项目总经费近3000万元，其中与美国巴威公司合作科研经费达1200多万元。在科技成果方面，牵头获得国家科学技术进步奖二等奖1项、国家科学技术发明奖二等奖1项、教育部自然科学一等奖1项、教育部科技进步一等奖1项、教育部科技进步二等奖3项、教育部技术发明二等奖1项、江苏省科技进步一等奖1项、江苏省科技进步二等奖5项。(截止2014年10月)