物流工程学科于2011年获得硕士学位授权资格，2012年开始正式招生，至2015年共招收硕士研究生8人。本学科下设物流装备自动化与智能化技术、物流系统安全与信息化技术、物联网技术与智慧物流、物流系统规划与仿真技术四个研究方向，培养具有坚实的物流工程理论基础，较强的解决实际问题的能力，能够独立从事物流领域内的研发及教学工作的高层次人才。
本学科依托北京绿色印刷包装产业技术研究院、信号与信息处理北京市重点建设学科、数字化印刷装备北京市重点实验室、印刷装备北京市高等学校工程研究中心，以物流系统为研究对象，以解决出版印刷及包装行业的物流问题为主线，重点研究物流装备的设计、物流系统规划、物流运作过程的控制、经营和管理等问题。本学科现有教师10人，其中教授1人，副教授2人，博士生导师1人，硕士生导师3人，具有博士学位7人，硕士学位3人。北京市科技新星1人、北京市青年拔尖人才2人，北京市青年英才1人，平均年龄36岁，是一支学历层次高、年富力强的科研队伍。