遗传学和遗传工程系始建于1983年，原名为生物工程系，现任系主任为乔守怡教授，有18名教授和22名副教授。
本系现有硕士点、博士点、博士后流动站各一个。主要研究领域：人类医学遗传学；群体和进化遗传学；微生物遗传学；植物遗传学；发育遗传学；遗传工程。承担20多门本科生和研究生教学课程，其中生命科学导论、生物工程概论为面向全校的普教课，细胞生物学、遗传学为面向全院的基础课，细胞生物学实验、遗传学实验为面向全院的基础实验课。编写的《遗传学》、《遗传学实验》获得国家教委优秀教材一等奖,遗传学课程获得国家级优秀教学成果二等奖、上海市优秀教学成果一等奖。
本系参加了国家教育部“面向二十一世纪生物学教学改革”项目的研究，为总项目负责人；参加了国家教育部主持的“生物学试题库”研究工作，承担遗传学学科试题库的建设；参加了国家教育部主持的“生物学多媒体教学软件”研究工作，承担遗传学学科CAI教学软件的研制。