五十年代，由于化学和物理学与生命科学的交叉，生物化学作为一门独立的学科得到了飞跃发展，并强有力地促进了医学、工业和农业等研究。1958年，在原中国科学院生物化学研究所、复旦大学生物系和化学系的共同努力下正式建立了生物化学专业。现任系主任董爱武教授，有9名教授和6名副教授。
生物化学系设有植物分子生物学、表观遗传学、基因表达调控、细胞分子生物学、药物开发与筛选等多个研究方向，侧重对国民经济和社会发展有重大意义的相关研究，承担着多项国家、省部、企业和国际合作项目。