公共管理系是经济与管理学院最年轻的系，其前身是公共管理与公共政策研究所，2003年10月经学校批准，建立公共管理系。目前，公共管理系共有教师23人，其中教授7人，副教授8人，讲师8人，具有博士学位教师18人，多位教师具有海外留学或访问研究背景。
公共管理系培养公共政策与公共管理方面的高级人才，具有公共管理一级学科下行政管理、土地资源管理、社会保障、教育经济与管理四个二级学科的硕士授予权。目前主要培养本专业本科生、硕士研究生以及管理科学与工程学科点下的城市发展与管理方向博士研究生，同时承担MPA硕士研究生的教学工作。
在科研方面，公共管理系下设公共政策分析、公共管理、公共经济与社会保障等学科组和研究所。主要研究方向有公共政策与评估、公共经济与社会保障、公共组织与人力资源、社区发展与管理、教育与卫生管理、城市发展与管理等。承担有国家自然科学基金、国家社会科学基金、教育部哲学社会科学重大课题以及联合国开发署、联合国环境署、世界银行等多项国际合作项目，获得国家发改委、上海市哲学社会科学、上海市决策咨询优秀成果等多项科研奖项。