管理科学与工程系成立于1984年，其前身是信息管理与科学系，后经学科调整，将信息管理与信息系统、物流管理、管理科学、工业工程等多个优势学科整合而成，具有历史悠久、综合实力强、发展后劲足的鲜明特点。
管理科学与工程系师资力量雄厚。全系共有教师36人，其中教授及博导14人，副教授8人，32人为博士学位获得者，多位教师具有海外留学或访问研究背景。3人入选教育部新世纪优秀人才计划；全国百篇优秀博士论文获得者1人；先后引进海外客座教授6人。
历经30多年风雨，管理科学与工程系已经形成博士后流动站、博士、硕士、本科等多种层次的教学与科研体制。所在一级学科“管理科学与工程”也入选上海市重点学科。管理科学与工程系下设物流管理专业、信息管理与信息系统两个专业。其中信息管理与信息系统专业创办于1984年，是国内最早成立该专业的高校之一。物流管理专业创办于2004年，是国内第一批成立该专业的高校。这两个专业目前在国内排名均居前列，教师除承担以上两个本科专业的教学任务以外，还承担管理科学与工程一级学科下博士生与硕士生以及MBA、EMPA、MPA和工程硕士的教学与研究生指导工作。