临床医学于1982年获学士学位授予权，依托临床医学院（附属医院），从2006年起与广西医科大学等联合培养硕士研究生。临床医学下设14个二级学科，其中内科学、儿科学、神经病学、外科学自2001年起先后成为自治区硕士学位授权点建设学科，于2013年获硕士学位授权一级学科。
特色鲜明，优势明显的学科方向形成了多个稳定的研究方向，对本地区多发疾病和难治性疾病开展了基础和临床研究，特别是围绕感染性及自身免疫性、神经系统、消化系统、骨骼系统、心血管系统、地中海贫血及小儿肾脏病等疾病，展开扎实研究，并取得系列研究成果。
人才优化，结构合理的师资队伍形成了以留学归国博士、教授为学科带头人的学术团队；有专任教师222人、教授42人、副教授107人；博士学位10人、硕士学位149人；博士研究生导师1人、硕士生导师27人；入选广西“新世纪十百千人才工程”第二层次人选1人、广西高校教学名师1人、获广西青年科技奖1人。已联合培养全日制研究生39人，14人毕业并取得硕士学位，现有在读博士生3人、硕士生22人。
平台较高，条件优良的临床基地所依托的临床医学院，为桂滇黔三省交界地区规模最大、综合实力最强的医疗、科研与教学中心，开放病床1800张，固定资产5亿余元，大型仪器设备值达2.5亿元。是中央财政资助的应用型医学人才临床实践教学建设基地，有国家中医药管理局重点建设学科1个、国家中医药二级实验室1个、广西重点学科5个、广西卫生厅重点建设学科1个。2010年中央财政专项资助，打造临床医学科学实验中心，为研究生培养提供了良好平台。
成果丰硕，全面发展的医教研学五年来，本学科为覆盖区域内的600余万人口提供高质量的医疗保健服务；有自治区级精品课程2门，年均承担本科教学近3万学时，承担本地区80%以上的医学骨干人才进修培训任务，培养了4000多名高级医学技术人才；作为暨南大学临床医学研究生培养基地，目前与其联合培养在职博士研究生21人、硕士研究生144人。先后获得各级各类科研课题431项，其中国家自然科学基金12项、国家社会科学基金1项、省部级课题22项；发表学术论文2800余篇，其中SCI收录21篇，中文核心期刊论文400余篇；出版著作、教材17部；获各级科研及教学成果奖27项，其中省部级以上奖励3项。