2003年经河南省教育主管部门批准，新乡医学院招生了第一届药学专业本科生，2004年正式成立了药学院，2006年获得药理学、药物化学硕士学位授予权，并于2007年招生第一届硕士研究生。2010年获得了药学一级学科硕士学位授予权。目前，药学院在校本科生627人，硕士研究生25人。
药学院拥有完整的人才培养体系。目前设有药学、药物制剂两个四年制本科专业。研究生招生专业涵盖药物化学、药理学、药物制剂、药物分析学、中药学、临床药理学等多个学科。研究生发表科研论文27篇，其中SCI收录15篇。开展了校企、校医联合研究生培养新模式，为河南省研究生教育创新培养基地。
药学院拥有高水平的导师队伍。现有硕士生导师12人。其中有全国优秀教师1人，河南省优秀专家1人，河南省优秀教师1人，河南省文明教师2人，校级教学名师4人。国家自然科学基金获得者5人，河南省杰出青年基金获得者1人。
药学院拥有良好的学科及科研平台。药学学科为河南省一级重点学科；拥有"河南省天然药物研究院士工作站"和"河南省神经精神药理研究院士工作站"；获批"新乡市精神疾病药靶基因筛选和药物研发重点实验室"和"新乡市精神药物工程技术研究中心"；拥有"天然药物"和"精神药物"2个校级重点实验室及药学实验教学示范中心。