中药学硕士点现拥有博士生导师2名、硕士生导师23名。设有中药质量控制与资源开发、中药新药、新剂型开发与中药炮制原理研究、中药及复方活性成分的研究三个研究方向，研究水平居全国领先地位。
一.中药质量控制与资源开发
本研究方向在继承祖国医药学经验的基础上，利用细胞学、遗传学、分子生物学、中药化学等现代自然科学技术和方法，研究中药质量控制的现代原理、方法和指标，为适应中药材规范化生产的需要，提高和量化中药质量，建立与国际接轨的中药质量控制标准，为加速中药走出国门提供保障。本研究方向学术带头人石俊英教授(博导)，在上世纪八十年代初就率先利用凝胶电泳技术进行中药研究，依据中药细胞中受遗传基因控制的蛋白质分子为指标，从分子水平上探索和论证了中药电泳鉴别的可行性，创立了“中药电泳鉴别法”，填补了国内外该项研究的空白。本研究方向承担厅级以上有关中药质量控制方面的科研项目四十多项；主编高等中医药规划教材五部，编写科技著作十二部，发表研究论文三百多篇。获得国家科技进步奖一项，省（部）级科技奖励二十多项。
其中“中药电泳鉴别法及其在植物、动物类中药的应用研究”、“凝胶电泳在中药质量控制中的应用研究”成果鉴定达到国际领先水平，先后获得1995年国家中医药管理局科技进步一等奖、1996年国家科技进步三等奖、2000年国家教育部科技进步一等奖（推广类）。该研究方向承担的国家级科研项目“金银花等三种中药材规范化种植研究”、“中药质量控制关键技术研究”等课题，已通过国家科技部验收，并获得山东省科技进步三等奖；承担的“荧光光谱法鉴别中药材研究”、“酸枣仁的品种整理与质量研究”、“中药电泳鉴别指纹图谱研究”、“中药生物农药的研究”等项目都获得了省厅级科技进步奖，为中药的质量评价提供了新技术、新方法、新内容。“中药电泳鉴别法及其在植物、动物类中药中的应用”项目已被国家科委列为国家级重点推广项目，山东中医药大学列为技术推广依托单位，在全国推广应用。目前，该研究内容已收入1996年版、2002年版《中药鉴定学》规划教材内容，纳入中药专业研究生课程内容，标志着该研究方向在国内同类研究中已居领先水平。
近几年来，本研究方向的实验室建设已初具规模，具有PCR扩增仪、多功能电泳仪、高速冷冻离心机、超净工作台、高效液相色谱仪、754紫外分光光度计、真空干燥机、光照培养箱等实验仪器和中药研究常规设备。承担着博士、硕士、本科等多层次的教学任务，已招收博士生7人，硕士生近40人，已毕业研究生全部为国内重点大学和科研院所接受。该研究方向在人才培养、科学研究、学术交流、产品开发等方面都取得了重大成绩。
目前，该研究方向正在深入研究生物技术在中药质量控制中的应用。在中药生物指纹图谱（蛋白质电泳、同工酶分析、基因多态性指纹图谱等）、化学成分指纹图谱（高效液相、紫外、红外指纹图谱、高效毛细管电泳等）、中药DNA分子标记、中药药效成分基因转移、常用中药种质资源基因库建设等方面进行了富有成效的探索，如对山东“道地”药材和常用中药进行了蛋白质组指纹图谱分析；采用RAPD技术从分子水平上对山东道地药材金银花等进行了品种鉴定与评价，为金银花的品种选育、质量评价提供了科学的检测方法和指标；采用细胞融合与基因转移技术，成功地将柴胡基因转入胡萝卜中，将西洋参基因转移到蔬菜中等。这些工作为中药的品种鉴别、种质资源筛选、优良品种选育、药材的质量控制方法与指标等提供了科学数据与借鉴。目前，本研究方向正在进行山东“道地”中药材北沙参、金银花、栝楼、丹参、白首乌、黄芩等不同品种的中药质量控制关键技术研究、不同种质滋芽资源的基因分析与指纹图谱分析等工作，为建立全国中药材种质资源基因库和生物指纹图谱库积累资料和数据。
二.中药新药、新剂型开发与中药炮制原理研究
该研究方向的特色是以中药临床疗效为研究设计的出发点，将中药炮制原理研究与中药新药的研究紧密结合，以“半仿生提取法( semi-bionic extraction method，简称：SBE法)”等中药新的提取方法与工艺研究为基础，以现代技术和现代仪器设备为手段，以开发中药新药、新剂型与中药饮片炮制规范化研究为重点，进行抗乙肝、抗肿瘤、延缓衰老等方面的新制剂和中药炮制新工艺的研究。近年来，以该研究方向为基础，我校与青岛海洋大学建立了校级科研合作关系，成为国家海洋药物工程技术研究中心海洋中成药研究开发分部，共同进行“海洋中成药”的研究开发和中药“饮片颗粒化”的研究开发。同时，也以该研究方向为基础，药学院中药制药学科成为国家中医药管理局重点学科协作单位。
该方向研究了中药泡腾颗粒剂、中药生物粘附片2种新剂型；申报了阿胶泡腾冲剂、中药生物粘附片剂、气血生泡腾冲剂、卷烟用中药添加剂4项发明专利；研制成功阿胶泡腾冲剂、妇血宁片、补肾宁片、冰硼贴片等多种新药，均取得较大的科学效益、社会效益和经济效益。其中，阿胶泡腾冲剂获1997年国家教委科技进步二等奖；妇血宁片获1981年山东省科技成果二等奖、商业部科技成果三等奖；补肾宁片获1986年山东省科技进步三等奖；口腔用中成药剂型改革的研究1995年获国家中医药管理局科技进步二等奖，生物粘附剂作为给药载体的研究1996年获山东省科技进步二等奖。1996年以来张兆旺、孙秀梅教授等创立的“建立中药炮制学教学新体系”和“半仿生提取法”制备中药口服制剂，以及《中药炮制现代研究》得到了全国同行的高度评价，认为是中药制剂与炮制研究的重大改革和创新，在学术水平上有相当深度，将对中药制药工业产生深远影响。其中，“建立中药炮制学教学新体系”获1989年山东省优秀教学研究成果二等奖；“中药炮制现代研究”获1996年山东省科技进步二等奖。另外，“妇血平颗粒剂治疗崩漏的临床研究”和“宫宁颗粒剂临床研究”，获山东省科技进步二等奖；“抗肿瘤药物微球的研制”和“逍遥妇乐颗粒剂临床研究”，以及《中药药事管理》和《山东省中药炮制规范》获省科技进步三等奖。
该研究方向主编、副主编、参编著作二十余部，主编全国规划教材《中药药剂学》、《中药炮制学》、《中药药事管理》、《中药炮制现代研究》等教材。1995年以来该研究方向共发表论文200余篇、其中国家级杂志100余篇、有近30篇被国外权威杂志收载。承担省厅级以上课题50余项，己鉴定并获省厅级以上奖励20余项。转让及被采用成果10项。该研究方向在中药新剂型开发、中药提取工艺研究以及中药炮制原理研究处于国内同行的先进水平。近几年来，该研究方向的实验室建设已初具规模，购置了超临界萃取，多功能提取机组，喷雾干燥机、超微粉碎机等先进仪器设备，形成了设备成龙配套、基本能适应现代中药固体制剂研究开发的中试生产线。
该研究方向已招收博士11人，招收硕士60余人，毕业的研究生都已经成为高校或科研单位的技术骨干。该研究方向在人才培养、科学研究、学术交流、新药开发等方面都取得了重大成绩。
目前该研究方向正在深入研究“半仿生提取工艺”的理论、方法及应用，深入进行中药缓释制剂技术、中药生物制药以及中药炮制原理等方面的研究，围绕解决中药现代化关键技术难题攻关，承担国家自然科学基金、国家“十五”攻关课题、省自然科学基金、省科技攻关课题等8项，有些课题在中药现代化关键技术研究中已取得重大突破。