发酵工程硕士点是福建师范大学最早建立的工科硕士点之一，依托福建省“211”重点学科“发酵工程学”，“福建省现代发酵技术工程研究中心”和“福建省发酵技术科研平台”。
研究方向：
（1）工业微生物：产有用代谢产物(包括氨基酸、有机酸、维生素、核酸、抗生素等)的微生物分离、育种、高密度培养、代谢产物的分离纯化、以及结构基因的克隆与表达。
（2）发酵过程优化控制：研究高产菌株及基因工程菌发酵过程的特性、细胞代谢流分布，在上述研究基础上的发酵过程优化(提高产物生产水平，生产能力和产物对于主要底物的转化率等)，生物转化过程的优化，生物反应器性能研究、强化及操作，发酵及生物转化过程的放大。
（3）生化反应过程工程：研究生化反应过程中各种热功、化学及生物变量的检测技术，生物传感器的研究和应用，生物反应过程数据的采集和分析，生物反应过程的计算机模拟和优化，人工智能在生物反应过程中的应用，计算机辅助的生物反应过程的放大等。
（4）生物大分子：通过蛋白质三维结构研究、定点突变、随机诱变、DNA shuffling等技术，对各种重要微生物产物的结构与功能关系进行研究。主要研究领域有脂肪酶、蛋白酶、葡聚糖酶等重要微生物酶类、微生物不饱和脂肪酸及生物材料等。
本硕士点目前由9名硕士生导师(其中教授4人，副教授5人)和一批具有博士和硕士学位的青年教学科研骨干组成。该学科经过多年建设取得了丰硕及高水平的科研成果，在国内同行中有较大的影响，是福建省经济建设和社会发展所急需的学科。近几年承担国家自然科学基金4项，“九五”攻关项目1项，省自然科学基金项目16项，省发改委项目5项，横向项目30余项。获省部以上科技奖8项(其中省科研成果一等奖1项、教育部提名科技进步二等奖1项、省科技进步二等奖4项、三等奖2项)，获得及申请发明专利5项，在国内外发表论文140余篇，被SCI、EI收录论文20多篇。