自我国著名的科学家、教育家卢嘉锡院士1960年创办我所以来，结构化学是我所的重点研究方向之一，经过近五十年几代科学家的努力，结构化学研究已在国内外学术同行中具有重要的影响力。结构化学基础研究室是在此基础上于2001年成立。研究室以结构化学基础研究为方向，开展现代结构化学研究方法在探索新功能材料中的应用，探索材料的结构与性能的关系规律，并以此指导新功能材料的研究。
陈忠宁研究员任研究室主任，现有十个课题组，其中研究员十名、博导八名，国家杰出青年基金获奖者四名，新世纪百千万人才工程国家级人选四名，"百人计划"获得者八名。承担了973课题、科技部重大课题、国家自然科学基金重点项目、国家杰出青年基金、中科院重大项目、福建省重大项目等研究任务。
重点研究方向：
1）结构化学研究新方法
2）团簇化学
3）金属-有机框架材料及超分子化学
4）光电磁信息功能材料
5）结构敏感材料
6）固体材料化学