我校环境工程专业是基于欧盟亚洲链项目研究成果(可持续资源管理技术和学科建设，项目号ASI/B7-301/98/679-048(75355))，由中、德、奥、泰四国高校共建。根据欧盟亚洲链项目计划，我校和德国希尔德斯海姆-霍尔兹明登-哥廷根应用科学大学不仅在本科层次合作培养应用型人才，并在专业硕士层次进行合作培养。五年来，共合作培养德国应用型硕士生13人。通过和德国合作培养专业硕士生，我校导师深刻理解了德国应用科学大学培养应用型硕士的全过程以及关键环节和核心要素。从2012年起德国Rostock大学可接收我校环境工程专业优秀研究生赴德国学习。
目前，学校环境工程专业实验室总面积为2600多平米，实验设备资产1000余万元，拥有固体废物处理等9个专业实验室，企业在我校建设了安徽合大环境检测有限公司等5个嵌入式实验室。我校还与合肥热电集团、安徽国祯环保节能科技股份有限公司等28家企业建立了长期稳定的工程实践基地。同时，学校积极参与企业技术创新，服务地方发展。2011年我校与合肥热电集团等共建“合肥环境工程研究院”（合芜蚌资助创新综合实验区合肥新平台），借鉴德国经验技术，帮助合肥热电集团解决了污泥掺炼技术问题，我校与相关企业共建的安徽合大环境检测有限公司已获国家环境检测能力资质认定，并成为合肥市企业股权和分红激励首批试点企业、合肥市2012年“创新型企业”。
2005年，安徽省与德国下萨克森州在合肥学院共同建设了国际合作平台——中德合作环境技术转化中心。合肥学院校长、教授蔡敬民博士担任主任，德国罗斯托克大学教授米歇尔·莱勒斯博士任中心的德方主任，合肥学院吴克教授任中方主任，并吸引了一大批国内外环保领域专家、学者和行业企业参加中心的项目合作。2006年-2012年该中心先后主持召开四届亚欧环境技术转化国际会议。学校充分利用这一平台，积极参与安徽省及合肥市环境工程和技术方面研究。
2007年安徽省教育厅在我院设立城市固废处理与资源化利用安徽省工程技术研究中心。2010年安徽省科技厅在我校设立安徽省固体废弃物能源化利用工程技术研究中心。2011年我校联合三家企业组建合芜蚌自主创新综合试验区创新平台——合肥环境工程研究院。2013年7月22日，合肥学院水环境及污染控制院士专家工作站揭牌，中国工程院院士、中科院过程所研究员张懿及创新团队正式入驻我校院士专家工作站。