一、历史沿革
运动健康科学系成立已有15年，前身为“基础课部”及“运动人体科学系”。
1996年3月，经省体育局、南京体育学院批准成立基础课部，承担我院高等教育的所有生物专业理论课程和部分公共基础课程的教学任务。基础课部下设体育社会科学教研室、体育生物科学教研室、中外文教研室、基础课实验室、办公室。
1998年9月，为适应社会发展的需求，在充分论证的基础上（经苏教高[18号]文件批复），在江苏率先开设了运动人体科学专业（体育保健康复方向），招收四年制（文理兼收、本二线录取，可授理学学士或教育学学士学位）的本科学生。
1999年9月，院运动人体科学专业获硕士学位授予权，开始招收全院第一个专业的硕士研究生。
2001年9月，开设社会体育专业，并招收了第一届本科学生。
2002年7月，基础课部改名为“运动人体科学系”，同时将体育社会科学教研室、中外文教研室，以及社会体育专业划归体育系管理。运动人体科学系设有体育生物科学教研室、计算机心理教研室、运动人体科学实验室、办公室。运动人体科学实验室下设运动解剖学、运动生理学、运动生物化学、运动生物力学、运动心理学、运动医学、运动康复等7个子实验室。
2009年9月，开设第二个专业——运动康复与健康专业（理科本二线录取，授理学学士学位），并招收了第一届本科学生。至此，本系连同运动人体科学专业（改为理科本二线录取，授理学学士或教育学学士学位），已管理和承担了两个本科专业的教育教学任务。
2009年12月，运动人体科学系更名为“运动健康科学系”。设有：运动人体科学教研室、运动康复与健康教研室、信息科学与心理教研室、运动人体科学实验室、办公室。运动人体科学实验室下设有7个教学实验室和5个科研实验室，具体是运动解剖学、运动生理学、运动生物化学、运动生物力学、运动心理学、运动医学和运动康复教学实验室，和运动能力诊断与分析、运动分子生物学、运动营养学、运动心肺功能和健康体适能科研实验室。目前实验室总面积为2500多平方米，实验仪器总价值为1500多万元。
本系除了承担运动人体科学专业和运动康复与健康专业的本科教育教学任务以及“运动人体科学专业”硕士研究生的培养任务外，还承担了全院各专业有关生物、医学方面的基础课程教学任务，以及计算机、统计、数学、心理学等课程的教学任务，并且还承担全院大学生的心理咨询与辅导任务。本系积极为优秀运动队竞技体育进行科技攻关，积极为大众健康开展科学研究和积极为社会服务。
本系现有教职工30（28+2）人，其中教师24人，实验师（员）4人，管理人员2人；教授3人，副教授8人，讲师17人；博士和在读博士6人，硕士和在读硕士13人。从年龄结构来看，50岁以上5人，40-49岁5人，30-39岁有18人，20-29岁2人；学历层次较高，年龄结构较轻，进取心强、充满活力是本系教学与科研团队的主要特点。此外，一批国内外知名的康复医学专家也是本系长期的兼职教授。
在运动科学与健康科学教育实践中，全系形成了师生共同追求与努力的方向，即“系训”——融学训研，求知信行。
“融学训研”是理念，“学”为科学、政治、文化等，“训”为运动训练、体育教育和运动健身等，“研”为科学和技术的研究与探索等，“融学训研”就是把学习、运动、研究三者有机地结合起来，互相促进和提高，这是我们的目标；“求知信行”是实践，“知”指的是学习知识的能力和方法，“信”指的是追求目标的信念和动机，“行”指的是学习知识、追求目标的行为和行动，“求知信行”就是通过刻苦努力的学习和不断创新的方法以达到我们的目标，实现人生的价值。
二、取得主要成果
（一）学科建设成果
“运动人体科学学科”，2006年被评为江苏省“十一五”重点学科。
“运动人体科学专业”，2005年被评为江苏省高等教育特色专业点，2010年6月被评为江苏省高等教育品牌专业建设点，2010年7月又被评为国家高等教育特色专业建设点。
“运动人体科学实验室”，2004年被评为江苏省高等学校重点建设实验室，2005年被评为江苏省高等学校基础课实验教学示范中心建设点，2009年顺利通过验收被评为江苏省高校基础课实验教学示范中心。
（二）教学科研成果
（1）教学成果奖6项（国家级教学成果奖二等奖1项、国家体育总局教学成果奖二等奖2项、江苏省高等教育教学成果奖一等奖2项、江苏省省级优秀教学团队1项）
（2）获省优课程4门
（3）主编教材专著14部，参编30余部
（4）获得科研课题50余项（国家“十一五”科技支撑计划项目子课题3项、国家体育总局课题5项、江苏省科技厅社会发展研究项目2项、江苏省教育厅自然科学重大项目1项、江苏省教育厅和体育局等课题40余项）
（5）发表论文160余篇（SCI收录论文4篇、ISTP收录论文10篇、中文核心期刊50余篇、一般期刊100余篇）
（6）获得国家专利4项
本系不仅拥有钱竞光、张蕴琨、孙飙教授等在各自领域具有较高知名度的专家，更重视专家对于教学和科研团队的凝聚作用，围绕上述三名学科带头人，已形成运动生物力学、运动营养与机能评定、运动健身与评价三个具有较高水平和较强战斗力的教学科研团队。
三、历任系领导
（一）正职(主持工作)工作任职时间
张蕴琨：1996年3月-1999年3月，任基础课部党总支副书记、副主任(主持工作)
钱竞光：1999年3月-2002年7月，任基础课部党总支书记、主任
2002年7月-2009年12月，任运动人体科学系党总支书记、主任
孙 飙：2009年12月-至今，任运动健康科学系党总支书记、主任
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二）副职工作任职时间
王爱丰：1998年7月-2002年7月，任基础课部副主任
陆玉林：1999年6月-2002年7月，任基础课部党总支副书记
2002年7月-2005年4月，任运动人体科学系党总支副书记、副主任
孙 飙：2005年6月-2009年12月，任运动人体科学系党总支副书记、副主任
马 林：2010年1月-至今，任运动健康科学系副主任