上海对外贸易学院于2003年获得企业管理硕士点资格，2005年，上海对外贸易学院确立将企业管理学科作为上海对外贸易学院的重点发展学科。2007年，经上海市教委批准，企业管理学科成为上海市教委第五期重点建设学科。
企业管理学科建设的总目标是：通过上海市教委重点学科建设，以企业管理研究基地作为学科建设载体，采用引进和培养相结合的人才梯队培养方式，使学科在国际企业管理、企业走出去战略、市场营销、物流和供应链管理等方面在我国企业管理领域具有一定的影响力，为我国企业管理研究提供理论支持和实践指导。企业管理学科建设的阶段性目标是：经过五年或更长一段时间的建设，使企业管理研究基地成为上海乃至长三角地区具有一定影响力的研究基地，它不仅要在学术领域提出反映我国企业管理研究的学术观点，而且要为行业和企业提供咨询服务。企业管理学科建设的具体目标包括：（1）建设企业管理研究基地。（2）加强人才队伍建设。（3）推进科学研究工作。（4）在产学研合作方面，以企业管理研究基地为载体，与国内外著名研究机构、政府部门和企业建立起长期合作关系。
2004年以来，企业管理学科在科学研究方面承接国家自然科学基金、教育部人文社会科学项目、上海市哲学社会科学等20多项科研项目，在经济、管理类杂志上发表200多篇论文，出版专著8部，并在国际学术会议上发表论文30多篇，其中，进入四大检索的论文9篇。
在研究生培养方面，上海对外贸易学院自2004年开始招企业管理硕士研究生。截止到2010年9月，共招收企业管理硕士研究生121名，其中，已有50名学生毕业，并获得硕士学位。